Un disque dur virtuel AoE s'utilise comme un disque dur normal : AoE fourni un accès en mode bloc qui reste le même que celui utilisé pour accéder à un disque conventionnel. Néanmoins AoE étant un système d'accès en réseau à des disques durs, il faudra prendre quelques précautions.

En effet, dans le cas courant, un disque dur n'est connecté qu'à un seul contrôleur : celui de la carte mère. Or, dans le cas d'AoE, le disque virtuel sera accessible depuis de nombreux endroits puisqu'il est en réseau, et il arrivera même que certains fichiers soient solicités simultanément par plusieurs systèmes.

Pour remédier à ce problème, la parade est simple : il suffit d'utiliser un système de fichiers qui soit adapté aux accès multiples en réseau pour pouvoir gérer ces problèmes et éviter une corruption des données à court terme. On peut citer par exemple le système de fichiers GFS (Global File System) utilisé notamment dans les clusters : celui-ci offre des mécanismes de gestion très poussés des accès multiples pemettant d'éviter qu'un utilisateur (ou une application) n'écrive sur un fichier alors que celui-ci est aussi lu par un autre processus... qui l'écrasera dès son traitement terminé !

L'utilisation quotidienne d'ATA over Ethernet est transparente pour l'utilisateur : celui-ci ne verra en fait que sa partition, formattée dans un système de fichiers adéquat, qui sera mise à sa disposition par des outils plus évolués de partage de fichiers (Type Samba) ou par un simple montage sous la racine utilisateur. Tout le "sale boulot" étant effectué par la pile Ethernet et le noyau du système (envoi des datagrammes, commandes ATA, commandes systèmes de fichiers, etc...).